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在污水处理系统中，微生物所需的有机物称为碳源。在活性污泥培养驯化阶段，由于构建的生物池中没有微生物，因此需要对微生物进行培养、通海收集和驯化。这一阶段微生物需要大量的碳源保持快速增长。现阶段，普通城市生活污水中的有机污染物作为碳源还不能满足微生物的生长需求。同时，由于生活污水中的碳源是一种复杂的有机物，往往不能被初生长的微生物吸收利用。因此，在这个阶段，补充碳源是很有必要的。在一些情况下，污水的碳氮比失衡，特别是在收集面积小、通海收集人口少，或在工业废水厂，污水的碳氮比失衡。因此，在这样的进水环境之中，需要为微生物补充碳源，以维持微生物的高活性。碳源在污水处理厂的使用主要分为提供微生物合成菌体繁殖的主要营养、通海附近反硝化的电子供体、通海生物除磷协助聚磷菌释放。也可以说碳源就是污水厂维持微生物生长较主要的原料之一。
用于微生物的繁殖与生长；微生物在污水的生物处理过程中至关重要，而碳源是微生物所需的营养来源。污水中本身可能含有一定量的有机物质，但在许多污水处理场景中，这些有机物质往往不能满足微生物快速繁殖和生长的需求。尤其是在污水处理系统的调试末期，需要对微生物进行培养、通海同城收集和驯化，这个时候微生物需要大量的碳源来保持快速增长。例如在新建的污水处理厂开始运营时，活性污泥的培养过程需要添加碳源。此外，在一些工业废水处理中，废水的成分可能比较特殊，其中的有机物可能很复杂或者浓度较低，无法为微生物提供足够的碳源，这时候人为投加碳源就显得非常必要。比如一些化工废水，可能含有大量的难降解有机物，但微生物可利用的碳源物质很少，此时投加合适的碳源，如甲醇、通海同城葡萄糖等，可以为微生物提供生长所需的能量和物质，促进微生物大量繁殖以及活性的提升，从而有效地开始对污水中的污染物进行分解代谢。
在水产养殖环境中的作用稳固水体菌藻相平衡：碳是藻类十分重要的营养元素，相当于是藻类的骨架。向水体中补充含碳源的物质能够补充有机碳，稳固水体菌藻相平衡，进而稳定水体的pH。例如很多水产养殖池塘中如果水中缺碳，藻类生长缓慢或者不稳定，补充像乙酸钠这样的碳源，可以为藻类的生长提供必要的碳元素，促进藻类的光合作用，增加水中的溶氧量；同时维持有益微生物在水体中的比例和活性，防止因天气突变等原因引起水质的剧烈变化，起到稳定养殖水体生态环境的作用。促进有益微生物和藻类繁殖：水体中的碳源富含发酵蛋白、通海同城氨基酸和还原糖时，能有助于促进有益藻类和微生物的繁殖生长，稳定水色。水产养殖中的藻类可以为养殖生物提供氧气、通海本地作为食物来源等重要作用，有益微生物则有助于分解水体中的有害物质、通海本地调节水体生态环境等，所以碳源通过促进它们的生长对整个养殖环境产生积极影响，如新生成的有益微生物能够分解残饵、通海粪便等，防止水中有机物的过度积累。
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